A la fin du XIe siècle, l’église Saint-Jacques succède à une chapelle dédiée à saint Martin. La dédicace à saint Jacques est acquise avant 1136.
Vers 1135-1140, Asquins a pour chapelain sous autorité clunisienne un personnage essentiel : Aimery Picaud, alias Olivier d’Asquins, originaire de Parthenay-le-Vieux en Poitou, rédacteur présumé du Liber Sancti Jacobi ou Codex Calixtinus. Avec lui, Asquins se constitue en centre de regroupement des pèlerins venus de l’est, du nord à travers la Champagne et le Pays d’Othe, et de l’Ile-de-France par la route reliant Pontigny à Vézelay. Au centre du village, un vaste pré encore exempt de constructions, porte le nom de Pré des Pèlerins. A l’écart du village, le hameau de la Bouillère conserve une tour de maladrerie.
Avec la sécularisation de Vézelay en 1538 et le transfert du chapitre en 1544, Saint-Jacques devient une paroisse sous l’autorité de curés tandis que le pèlerinage décline.
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